Las infecciones de las mucosas por VPH se clasifican además en latentes (asintomáticas), subclínicas o clínicas. Las lesiones clínicas son evidentes, mientras que las infecciones latentes sólo se detectan con pruebas de ADN viral. Las lesiones subclínicas se identifican mediante la aplicación de ácido acético al 3-5% y la inspección con aumento. La mayoría de las infecciones por VPH están latentes; las infecciones clínicamente aparentes suelen provocar verrugas en lugar de tumores malignos.

Las infecciones por VPH son comunes y dan lugar a una amplia variedad de manifestaciones clínicas que afectan las superficies epidérmicas. Los condilomas acuminados (verrugas genitales) generalmente se reconocen como proliferaciones benignas de la piel y mucosa anogenital resultantes de la infección por VPH. Las verrugas genitales se transmiten por contacto sexual. Aproximadamente dos tercios de las personas que tienen contacto sexual con una pareja infectada desarrollan verrugas genitales. Se desconoce el tiempo exacto de incubación, pero se estima que oscila entre 3 semanas y 8 meses.

A pesar de la naturaleza generalmente benigna de estas proliferaciones, ciertos tipos de VPH pueden colocar a los pacientes en un alto riesgo de cáncer anogenital. Algunos también han sido implicados en el cáncer de laringe y oral y en algunos cánceres de pulmón.